Výzkumná činnost je organizována v šesti vědeckých odděleních. Hlavní cíle výzkumné činnosti jsou: 

(a) získávání, zpracování a šíření vědeckých poznatků, vydávání vědeckých publikací, národní a mezinárodní spolupráce s vysokými školami a dalšími vědeckými institucemi a soukromými společnostmi prostřednictvím společných projektů a smluv o spolupráci

(b) výuka na vysokých školách a příprava mladých vědeckých pracovníků prostřednictvím doktorských a postdoktorských programů

(c) správa a provozování výzkumných infrastruktur a pořádání vědeckých setkání, konferencí, seminářů na národní a mezinárodní úrovni. 

Více se o Ústavu struktury a mechaniky hornin AV ČR, v.v.i. a jeho předchůdcích dočtete v publikaci Věda pod Rokoskou - Dějiny Ústavu struktury a mechaniky hornin AVČR a jeho předchůdců.